Marvel's Avengers comienza en el A-Day, en el que Capitán América, Iron Man, Hulk, Viuda Negra y Thor celebran la inauguración de un cuartel general de alta tecnología de los Vengadores en San Francisco. La celebración se torna mortal cuando un accidente catastrófico da lugar a la destrucción masiva de la ciudad. Tras ser culpados de la tragedia, los Avengers se separan. Cinco años después, con la ilegalización de los superhéroes y el mundo en peligro, una gran aventura comienza cuando una valiente joven llamada Kamala Khan decide volver a reunir a los Avengers para detener el poder desenfrenado de la nueva y hermética fuerza conocida como IMA.

Marvel's Avengers sigue el épico viaje con nuevos héroes e historias que saldrán de forma continua para crear la experiencia de juego de Avengers definitiva.